Die Organisation dient in Subud den gemeinsamen praktischen und inneren Bedürfnissen der Mitglieder. Ziele sind einerseits die innere Entwicklung des Einzelnen, andererseits die Zusammenarbeit und Verständigung zwischen Völkern, Kulturen und Religionen.

In Deutschland gibt es seit 1961 den gemeinnützigen Verein Subud Deutschland e. V. Er stellt Räume bereit für das Latihan (die spirituelle Übung in Subud), gibt Publikationen heraus, organisiert Treffen und fördert die Kommunikation und Zusammenarbeit zwischen Subud-Mitgliedern in Deutschland und der Welt. Subud Deutschland hat etwa 400 Mitglieder, die sich in lokalen Gruppen zusammengefunden haben oder das Latihan allein durchführen.

Weltweit gibt es Subudmitglieder in 74 Ländern. Sie haben sich in der World Subud Association zusammengeschlossen. Das höchste Entscheidungsgremium ist die Delegiertenversammlung der Länder, der Weltkongress. Er findet alle vier Jahre statt, formuliert Ziele und wählt für die nächsten vier Jahre Verantwortliche in die internationalen Gremien und Arbeitsgruppen.

Vom einzelnen Mitglied, über die Gruppe, die Organisationen in den Ländern bis hin zur weltweiten Gemeinschaft ist Subud demokratisch aufgebaut. Es gibt keine Hierarchie, sondern lediglich unterschiedliche Aufgaben.

Das gemeinsame Latihan führt bei vielen Subud-Mitgliedern zu dem Wunsch, zusammenzuarbeiten und so die innere Führung gemeinsam umzusetzen. So ist zum Beispiel der Tochterverein Susila Dharma – Soziale Dienste e.V. entstanden.

Büro des Subud Deutschland e.V. in Wolfsburg